До 1658 г. в Речи Посполитой действовали арианские школы. Существовали они в Ивье, Клецке, Любче, Лоске, Несвиже и других городах. Школы имели 3–5 классов. Ученики кроме богословия изучали произведения древних мыслителей, греческий, латинский, польский и белорусский языки, риторику, этику, музыку, медицину. В детях воспитывали уважение к человеку и его разуму, учили мыслить самостоятельно. Самой известной считалась школа в местечке Ивье (районный центр Гродненской области). Ее ректор Ян Намысловский (начало 1560-х — 1633/1636) разработал специальную программу обучения и написал несколько учебников.

Во второй половине XVI — первой половине XVII в. в Витебске, Глубоком, Заславле, Ивенце, Минске, Орше и других городах действовали кальвинистские школы. В 1617 г. в Слуцке Янушем Радзивиллом была основана кальвинистская гимназия, просуществовавшая до 1918 г. Основное внимание в них уделялось религиозному обучению. Также изучались древнегреческий, латинский, белорусский и польский языки, риторика, история, математика, античная поэзия и др. Обучение продолжалось от 6 до 10 лет.

В числе первых братских православных школ были открыты школы в Вильне (около 1585 г.), Могилеве (1590 г.), Берестье (1591 г.). После начального образования в них изучали сокращенные циклы «тривиума» (грамматика, риторика, диалектика) и «квадривиума» (арифметика, геометрия, астрономия, музыка). Особенное внимание уделялось изучению церковнославянского языка, в котором видели средство противостояния католичеству. В деятельности униатских учебных заведений четко прослеживалась тенденция синтеза духовных влияний православной и католической церквей. Во все вышеупомянутые учебные заведения ВКЛ, как и в остальные, ученики принимались независимо от их происхождения, религиозной или сословной принадлежности.